גן הנוי של הכפר כולל את שטחי הפנימיות, בתי הספר והחורשות המשתרעות על שטח כולל של 300 דונם. האחזקה והטיפול מופקדים בידי התלמידים, המתמחים בענף ובהדרכתו של מרכז הנוי. בשנים האחרונות אנו נעזרים בקבלן עקב בינוי חדש ופיתוח מואץ של שטחי נוי נוספים.
הנוי בכפר הוא שילוב של ישן וחדש ובהתאם לזאת נקבעת הצמחייה ופיתוח הסביבה הנופית. בגן הנוי ישנן פינות חמד יפיפיות כדוגמת הפיקוס הבנגלי, האמפיתאטרון והחורשה סביבו, שדרת הדקלים ההיסטורית, מערת נטר וקבר נטר הקרויים על שמו של מייסד מקווה ישראל, קרל יעקב נטר.
