בתחילת כהונתו כמנהל בית הספר, הגה מר אליהו קראוזה את הרעיון לייסד גן בוטני בשטח בית הספר החקלאי מקווה ישראל. ואכן, בין השנים 1923-1924 נשתלו כמה אוספים של עצים ע"י מר ברוך ציזיק, ומהם נשתמרו רק מינים אחדים של אשל ושיטה, ואולם גם אלה נעקרו במשך הזמן מפני סיבות שונות. מכל המטע ההוא נותר רק ארז לבנון אחד. בין השנים 1927-1928, עם תחילת עבודתו של מר ש. ידידיה ז"ל כמורה ומנהל אגפי פרדסנות וגננות, צץ שוב הרעיון של הקמת גן בוטני, הפעם על שטח נרחב יותר. הוזמנה תוכנית ארכיטקטונית של ארבוריטום ושל אוספי צמחים על שטח של 80 דונם בקירוב, אשר הוכנה על ידי אחד הגננים הוותיקים בארץ, מר י' סגל.
לאורך השנים פעלו מורים, פרופסורים, אגרונומים ואדריכלי נוף למען טיפוח ופיתוח הגן הבוטני. נקבע הסדר הססטמטי בגן לפי שיטת אנגלר-ורבורג, צמחים נאספו מכל רחבי הארץ, זרעים וצמחים הוזמנו מרחבי העולם ונשתלו כאן, במקווה ישראל. חלקת עצי מחט, ערבתיים, תותיים וקטניות, אוסף של דקלים, אלון-השעם וצמחים מעניינים אחרים. חלקה בת 4 דונמים הוקצתה לחורש הארצישראלי ובה נשתלו מיני אלון, אלה, לבנה, בר זית לצד אוסף של צמחי גדרות המונה כ 70 מין וזן.
בשנת 2008 הגן קיבל הכרה ממשרד החקלאות ופיתוח הכפר כגן בוטני. בשל כך הפעילות הוא זוכה לתמיכה מהמשרד על ידי מועצת הגנים הבוטניים. אנו רואים בגן הבוטני, בראש ובראשונה, מקום לימוד לתלמידי בית הספר החקלאי, לתלמידים ונוער מהסביבה ולמבקרים מכל הגילאים. עצם היותו מקום לגידול מאות צמחים חדשים, אשר לא היו בארץ בעת היוסדו, משמש הגן הבוטני כמקום אקלום וכמרכז להפצת צמחים אלה בכל הארץ. זרעים וייחורים ניתנו למשתלות שונות, ובעיקר לנקודות התיישבות חדשות וכך הופצו מינים חדשים ברחבי הארץ.
הגן משמש מקום הדרכה ועבודה לתלמידים המתעניינים בגננות ובלימוד הבוטניקה ורבים הם הגננים בני ההתיישבות העובדת אשר קיבלו את הכשרתם בגן והצטרפו לשורת משפרי נוף הארץ. במשך השנים נערכו תצפיות ונרשמו רשימות על התפתחות הצמחים בגן והם שימשו בסיס להדרכה ועצה לכל דורש. לצד תפקידיו אלה מהווה הגן פינת חן ב"מקוה ישראל" ורבים באים אליו כדי להנות מיפי הטבע ולנוח מעמל היום ומעומס הלימודים.
