הפנימייה הדתית של מקווה ישראל שמה לה למטרה לחנך את התלמידים על פי ערכי תורת ישראל, לדבוק באמונה ובשמירת מצוות. ערכים אלו באים לידי ביטוי בחיי היומיום בפנימייה ומדי יום מתקיימים בסמוך לתפילה שעורי גמרא, הלכות יומיות ולמידה בחברותא לצד פעילויות חווייתיות המחזקות את תחושת השייכות לעם היהודי, כגון הכנת ציציות, תפילות חווייתיות, לימוד שירים, סיורים מעניינים ועוד. קבלת השבת בפנימייה היא בעלת חשיבות מכרעת, ובנוסף לפעילויות המועברות על ידי הצוות החינוכי, אנו מארחים באופן קבוע מרצים ורבנים בעלי סיפור חיים מרגש ומרתק הסוחפים אחריהם את החניכים.
החיים בפנימיה הינם חיים מלאי פעילות וחוויות, החל משעות הבוקר ועד לשעות הערב המאוחרות. אחת לשבוע ובהתאם לשכבות הגיל, מתקיימת פעילות חברתית העוסקת בנושאים שונים ומגוונים. את הפעילות מעביר הצוות החינוכי ואליו מוזמנים גם תלמידי המדור הדתי שאינם תלמידי פנימייה.
בנוסף, תלמידי הפנימיה נהנים ממערכת חוגים ענפה המתקיימת בשעות אחה"צ והערב, לאחר שעות הלימודים. חוגים אלו מאפשרים ביטוי ליצירתיות החניכים ומהווים מקום מפגש בין חניכים משכבות ומגילאים שונים. חלק מהחוגים אותם תמצאו בפנימייה: רכיבה על סוסים, אמנות ומלאכת יד, תיאטרון, מחשבים, בישול, מוסיקה – שירה ונגינה תופים, וגיטרה, חוגי ספורט כגון כדורגל, אופניים, אייקידו, אתלטיקה קלה ומחול אירובי לבנות, לצד הכנות לשירות הצבאי ובו חוג "אחרי", חדר כושר וכושר קרבי.
פעילויות תרבות מתקיימות באופן שוטף לאורך השנה ובמסגרתן החניכים צופים בהצגות וסרטים, יוצאים לטיולים, סיורים ומבקרים במוזיאונים .כמו כן נערכים בפנימייה "אירועי שיא" חווייתיים וסדנאות סביב נושאים חברתיים חשובים ובהם: מניעת התמכרויות, אלימות, ציונות, בריאות, מעגל השנה וכן הלאה. מבני המגורים מתוחזקים ברמה גבוהה ומצוידים בהתאם לצרכי התלמידים, ולרשות החניכים עומדים מועדוני לימוד המצוידים במחשבים ומיועדים להכנת שיעורי הבית, ומועדון פנאי המיועד למפגשים חברתיים, צפייה בסרטים, משחקים משותפים ועוד. בחדר האוכל נהנים החניכים ממזון בריא ומזין ברמה גבוהה.
חניכי הפנימיה גדלים על ערכי תרומה לקהילה – ככל שהפרט תורם לחברה כך הוא נתרם בעצמו, מרגיש שייכות, ביטחונו והדימוי העצמי שלו עולה וההרגשה הכללית שלו משתפרת. מתוך כך אנו לוקחים חלק בפעילויות התנדבות רבות: התנדבות קבועה על בסיס שבועי במוקד קליטה ביפו ובמועדונית בשכונת ג'סי כהן בחולון, מבצעי התרמה במהלך השנה, חלוקת שי לחיילים לקראת החגים, התנדבות בבית החולים וולפסון ולקיחת חלק פעיל ב"יום המעשים הטובים".
